이 글은 대종교에 관한 권태훈의 비판적 이해에 근거하여 권태훈의 대종교 인식 태도를 밝히고자 한다. 권태훈은 대종교에 대해서 전체적인 틀 속에서는 긍정적이었지 만, 세부 항목에서는 비판하였다.
권태훈은 삼일신고의 ‘자성구자(自性求子), 강재이뇌(降在爾腦)’와 ‘조영득쾌락’ (朝永得快樂)에 대해서는 높이 평가한다. 전자는 자신이 직접 공부하고 그것은 이미 네 머리에 있다는 것이고 후자는 신인합일 설명하는 것이다. 그가 대종교의 소의 경전인 삼일신고가 대야발의 작품이라고 하는 점은 삼일신고의 전승 과정을 이해하지 못한 것이고 삼일신고의 「세계훈」과 「진리훈」은 너무 자세하여 후대 사람들의 작품 이라고 하는 점은 삼일신고의 가치를 인정하지 않는 것이다. 이는 단기고사와 참전계경에 대해서도 마찬가지로 부정적인 평가를 내리는 것과 연관이 된다.
그는 지감, 조식, 금촉이라는 세 가지 수양공부론에 대해서도 일반인을 위한 낮은 측면만으로 설명하고 높은 측면은 언급하지 않는 점은 대종교의 수양공부론을 무시하 는 측면이 있다. 그는 그 중 조식 하나만 자세히 설명하고, 그것도 삼일신고보다는 용호비결을 우선시한다. 그러나 지감 조식 금촉의 높은 수련이 있다고 권태훈의 후계 자들은 주장하는데 이것을 인정하더라도 삼일신고의 지감-심-성, 조식-기-명, 금촉 신-정의 삼도-삼망-삼진의 체계적인 사고를 인정하지 않는 것이다.
이러한 점은 권태훈의 역사에 대한 나름대로 비판적인 사고에서 나온 것이라고 말할 지라도, 그를 대종교인으로 보기에는 어려운 측면이 있다. 반면에 권태훈은 「천부경」에 대해서는 전폭적인 지지를 보내고 있다. 천부경이 단순한 숫자와 글자로 함축하였기에 단군의 종교적 종지를 적합하게 표현하였다고 보았다.