본 연구는 남인 실학자들의 역사 인식과 그것이 의도치 않게 식민사학 형성에 기여한 역할을 고찰한다. 광복 80년이 지난 오늘날에도 한국 고대사를 둘러싼 논쟁은 여전히 해결되지 않고 있다. 원사료의 디지털화는 이러한 논쟁을 주류와 비주류 학자들 간의 대립에서, 시민단체와 민족사학계를 포함하는 보다 광범위한 범위로 확산시켰다. 논쟁 의 핵심은 주류 강단사학이 일제강점기 조선총독부의 역사관을 계승했는가의 문제에 집중된다. 주류 학계는 이에 대한 비판을 방어하기 위해, 자신들이 조선총독부가 아닌 조선 후기 실학자들의 연구 성과, 특히 정약용의 학문적 전통을 계승했다고 주장한다.
그러나 조선 후기 실학자들의 역사관에는 분명한 한계가 존재한다. 고리 중기, 서경 천도운동을 진압한 유교 세력은 유교 이데올로기의 정당성을 확보하기 위해 유교 도입 이전의 한국사를 유교적 세계관 속에서 재해석하였으며, 그 틀에 맞지 않는 전통은 삭제하거나 변형하였다. 그 결과 배달국의 역사와 제천 문화는 사라지고, 단군조선의 역사와 문화는 기자조선의 것으로 변개되었으며, 단군조선의 중심 무대는 한반도 평양 으로 축소되었다. 남인 실학자들의 중화사관적 역사 인식은 한국사 시간과 공간의 축소 로 귀결되었다. 안정복, 정약용, 한치윤, 한진서와 같은 대표적 남인 실학자들은 ‘낙랑군 재평양설’을 고착화시켜 역사무대를 축소하였을 뿐 아니라 단군에 대한 부정적 인식을 확산하는 퇴행적 행태를 보였던 것이다.  
비록 그들의 의도는 아니었으나, 이러한 역사 인식은 이후 일본 식민사학에 의해 악용되었고 조선총독부가 식민사학을 완성하는 데 중요한 토대를 제공하였다. 오늘날 에는 차이나의 동북공정 논리를 뒷받침하는 근거로도 활용되고 있다. 따라서 남인 실학 자들의 역사 인식이 지닌 문제를 정확히 인식하고 극복하는 것은 식민사학 논쟁과 동북공정 문제를 해결하는 데 있어 근본적 방법이라 할 수 있다.